module.exports = {
    entry: {
      app: ['./web-src/es6/app.js']<% if (useJQuery || useBootstrap) { %>,
      libs: ['./web-src/js/dist/libs.all.js']
      <% } %>
    },
    output: {
      <% if (useJQuery || useBootstrap) { %>
        path: '/web/js'
      <% } else { %>
        filename: 'bundle.js'
      <% } %>
    },
    module: {
      rules: [
        {
          test: /\.jsx?$/,
          loader: 'babel-loader',
          query: {
              presets: ['es2015']
          }
        }
      ]
    }
};

@@ -59,17 +59,16 @@
 /app.js'
-%5D
 %3C%25 if (u
@@ -102,22 +102,9 @@
  %25%3E,
-%0A      libs: %5B
+ 
 './w
@@ -134,23 +134,16 @@
 .js'
-%5D%0A      
 %3C%25 %7D %25%3E
+%5D
 %0A   
@@ -164,100 +164,8 @@
 : %7B%0A
-      %3C%25 if (useJQuery %7C%7C useBootstrap) %7B %25%3E%0A        path: '/web/js'%0A      %3C%25 %7D else %7B %25%3E%0A  
     
@@ -192,22 +192,8 @@
 js'%0A
-      %3C%25 %7D %25%3E%0A
     

Fix that webpack task for good