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+%22%22%22%0ACoverage module example%0A=============================%0A%0A%0A%22%22%22%0A#################################################%0A#%0Afrom sequana import GenomeCov%0Afrom sequana import sequana_data%0Abedfile = sequana_data(%22virus.bed%22, %22data%22)%0Areference = sequana_data(%22pKM2-eGFP.fa%22, %22data%22)%0A################################################%0A# Reading input BED file%0Agc = GenomeCov(bedfile)%0A%0A##############################################%0A# Reading reference and computing GC content%0Aw_gc = 100%0Agc.compute_gc_content(reference, w_gc)%0A%0A%0A##########################################################%0A# Select a chromosome (first and only one in that case%0Achrom = gc%5B0%5D%0A%0A##########################################################%0A# Compute running median and zscore%0Achrom.running_median(n=4001, circular=True)%0Achrom.compute_zscore()%0A%0A######################################%22##################%0A# Plotting%0Achrom.plot_coverage()%0A%0A%0A

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