Make the chain naming system used by the pdb writer configurable. Also some PEP8 fixes to pdbfile.py
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mpharrigan/mdtraj,mdtraj/mdtraj,ctk3b/mdtraj,kyleabeauchamp/mdtraj,hainm/mdtraj,rmcgibbo/mdtraj,leeping/mdtraj,gph82/mdtraj,casawa/mdtraj,ctk3b/mdtraj,gph82/mdtraj,mattwthompson/mdtraj,tcmoore3/mdtraj,mattwthompson/mdtraj,leeping/mdtraj,casawa/mdtraj,msultan/mdtraj,dwhswenson/mdtraj,casawa/mdtraj,casawa/mdtraj,msultan/mdtraj,dwhswenson/mdtraj,mdtraj/mdtraj,daviddesancho/mdtraj,rmcgibbo/mdtraj,mpharrigan/mdtraj,mpharrigan/mdtraj,jchodera/mdtraj,mattwthompson/mdtraj,mattwthompson/mdtraj,leeping/mdtraj,mpharrigan/mdtraj,mdtraj/mdtraj,rmcgibbo/mdtraj,daviddesancho/mdtraj,leeping/mdtraj,tcmoore3/mdtraj,hainm/mdtraj,ctk3b/mdtraj,hainm/mdtraj,swails/mdtraj,msultan/mdtraj,hainm/mdtraj,swails/mdtraj,kyleabeauchamp/mdtraj,jchodera/mdtraj,ctk3b/mdtraj,daviddesancho/mdtraj,gph82/mdtraj,mpharrigan/mdtraj,casawa/mdtraj,tcmoore3/mdtraj,hainm/mdtraj,jchodera/mdtraj,kyleabeauchamp/mdtraj,daviddesancho/mdtraj,jchodera/mdtraj,daviddesancho/mdtraj,msultan/mdtraj,kyleabeauchamp/mdtraj,swails/mdtraj,kyleabeauchamp/mdtraj,tcmoore3/mdtraj,swails/mdtraj,dwhswenson/mdtraj,swails/mdtraj,ctk3b/mdtraj