indel left-alignment, merge fix
indel left-alignment, merge fix

Fixes merging of gaps in reads with more than 2 embedded gaps.

ekg/freebayes,godotgildor/freebayes,ekg/freebayes,gkno/freebayes,gkno/freebayes,ekg/freebayes,godotgildor/freebayes,godotgildor/freebayes,nh13/freebayes,nh13/freebayes,godotgildor/freebayes,ekg/freebayes,gkno/freebayes,nh13/freebayes,nh13/freebayes,ekg/freebayes,gkno/freebayes,godotgildor/freebayes,gkno/freebayes,nh13/freebayes