Fixed bugs with overlapping boxes path finding.
Fixed bugs with overlapping boxes path finding.

Specifically, I fixed the bugs causing ARGraph.deleteTwoEdgesAt: nnnedge.getStartPointPrev().equals( npoint ) && nnnedge.getStartPoint().equals(nnpoint) assert to fail.
I also fixed some bugs with startpoints and endpoints of edges not being stored as pointers (size one arrays).

webgme/webgme,webgme/webgme,pillforge/webgme,metamorph-inc/webgme,dhadka/webgme,phreed/webgme,metamorph-inc/webgme,phreed/webgme,dhadka/webgme,webgme/webgme,phreed/webgme,metamorph-inc/webgme,pillforge/webgme,phreed/webgme,metamorph-inc/webgme,metamorph-inc/webgme,dhadka/webgme,pillforge/webgme,phreed/webgme,dhadka/webgme,dhadka/webgme,pillforge/webgme,pillforge/webgme