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Checkpoint, reflects addition of complex allele processing.

ekg/freebayes,godotgildor/freebayes,ekg/freebayes,nh13/freebayes,gkno/freebayes,ekg/freebayes,nh13/freebayes,nh13/freebayes,nh13/freebayes,ekg/freebayes,gkno/freebayes,ekg/freebayes,gkno/freebayes,gkno/freebayes,godotgildor/freebayes,godotgildor/freebayes,gkno/freebayes,nh13/freebayes,godotgildor/freebayes,godotgildor/freebayes