change semantics of use-best-n-alleles to only apply to SNPs
change semantics of use-best-n-alleles to only apply to SNPs

This change reflects the fact that we typically want to use all INDELs,
but we may still want to filter against tri-allelics caused by
mismapping.

gkno/freebayes,godotgildor/freebayes,ekg/freebayes,ekg/freebayes,nh13/freebayes,godotgildor/freebayes,gkno/freebayes,gkno/freebayes,ekg/freebayes,ekg/freebayes,ekg/freebayes,gkno/freebayes,nh13/freebayes,godotgildor/freebayes,godotgildor/freebayes,godotgildor/freebayes,nh13/freebayes,gkno/freebayes,nh13/freebayes,nh13/freebayes