Fix bug in SupercellMaker which does not remove periodic images of sites.
Fix bug in SupercellMaker which does not remove periodic images of sites.

sonium0/pymatgen,sonium0/pymatgen,ctoher/pymatgen,rousseab/pymatgen,Dioptas/pymatgen,Bismarrck/pymatgen,Bismarrck/pymatgen,rousseab/pymatgen,migueldiascosta/pymatgen,yanikou19/pymatgen,yanikou19/pymatgen,sonium0/pymatgen,rousseab/pymatgen,yanikou19/pymatgen,ctoher/pymatgen,Bismarrck/pymatgen,migueldiascosta/pymatgen,Bismarrck/pymatgen,Dioptas/pymatgen,ctoher/pymatgen,Bismarrck/pymatgen,migueldiascosta/pymatgen