Added a new parameter to output a SAM file
Added a new parameter to output a SAM file

ppericard/matam,ppericard/matamog,bonsai-team/matam,ppericard/matam,bonsai-team/matam,ppericard/matamog,ppericard/matamog,ppericard/matam,bonsai-team/matam,bonsai-team/matam,ppericard/matamog