python.pkgs.agate: fix tests
python.pkgs.agate: fix tests

Need to use fetchFromGitHub because examples/ is missing from PyPI tarball.
Also clean up the expression and specify appropriate checkInputs.
Fixes #42867.

SymbiFlow/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,NixOS/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,SymbiFlow/nixpkgs,NixOS/nixpkgs