use alignment.GetEndPosition(true)
use alignment.GetEndPosition(true)

Per communication with Derek Barnett, passing 'true' to this method
provides the expected behavior.

nh13/freebayes,ekg/freebayes,ekg/freebayes,nh13/freebayes,godotgildor/freebayes,ekg/freebayes,ekg/freebayes,gkno/freebayes,nh13/freebayes,godotgildor/freebayes,godotgildor/freebayes,nh13/freebayes,gkno/freebayes,gkno/freebayes,ekg/freebayes,nh13/freebayes,godotgildor/freebayes,gkno/freebayes,gkno/freebayes,godotgildor/freebayes