Fix `createCommitOnHead`
Fix `createCommitOnHead`

The convenience method `createCommitOnHead` was adding files being
ignored via `.gitignore` which is really bad. Now it's changed to
use the `Index.prototype.addAll` method since it's available now
and it wasn't when that method was written.

KenanSulayman/nodegit,saper/nodegit,Gum-Joe/nodegit,jmurzy/nodegit,saper/nodegit,chasingmaxwell/nodegit,danawoodman/nodegit,jmurzy/nodegit,nodegit/nodegit,freder/nodegit,dkoontz/nodegit,eunomie/nodegit,dancali/nodegit,cwahbong/nodegit,kenprice/nodegit,implausible/nodegit,heavyk/nodegit,srajko/nodegit,jfremy/nodegit,srajko/nodegit,taylorzane/nodegit,eunomie/nodegit,taylorzane/nodegit,cbargren/nodegit,tannewt/nodegit,implausible/nodegit,StephanieMak/nodegit,chasingmaxwell/nodegit,cbargren/nodegit,KenanSulayman/nodegit,Naituw/nodegit,Gum-Joe/nodegit,kenprice/nodegit,freder/nodegit,cwahbong/nodegit,dancali/nodegit,jfremy/nodegit,nodegit/nodegit,jdgarcia/nodegit,jmurzy/nodegit,StephanieMak/nodegit,taylorzane/nodegit,kenprice/nodegit,implausible/nodegit,Gum-Joe/nodegit,jmurzy/nodegit,cbargren/nodegit,kenprice/nodegit,taylorzane/nodegit,heavyk/nodegit,bengl/nodegit,cwahbong/nodegit,nodegit/nodegit,saper/nodegit,cbargren/nodegit,IonicaBizauKitchen/nodegit,jmurzy/nodegit,IonicaBizauKitchen/nodegit,IonicaBizauKitchen/nodegit,chasingmaxwell/nodegit,Naituw/nodegit,Naituw/nodegit,tannewt/nodegit,jfremy/nodegit,dkoontz/nodegit,danawoodman/nodegit,jdgarcia/nodegit,jfremy/nodegit,nodegit/nodegit,implausible/nodegit,StephanieMak/nodegit,bengl/nodegit,dancali/nodegit,heavyk/nodegit,srajko/nodegit,eunomie/nodegit,jdgarcia/nodegit,StephanieMak/nodegit,KenanSulayman/nodegit,kenprice/nodegit,danawoodman/nodegit,jdgarcia/nodegit,jdgarcia/nodegit,Gum-Joe/nodegit,heavyk/nodegit,saper/nodegit,freder/nodegit,IonicaBizauKitchen/nodegit,tannewt/nodegit,dkoontz/nodegit,dancali/nodegit,Naituw/nodegit,freder/nodegit,danawoodman/nodegit,bengl/nodegit,cwahbong/nodegit,tannewt/nodegit,eunomie/nodegit,KenanSulayman/nodegit,dkoontz/nodegit,srajko/nodegit,cbargren/nodegit,nodegit/nodegit,bengl/nodegit,dkoontz/nodegit,chasingmaxwell/nodegit,srajko/nodegit