Fix update-versions.py script, porting msmbuilder#550
Fix update-versions.py script, porting msmbuilder#550

daviddesancho/mdtraj,dwhswenson/mdtraj,gph82/mdtraj,mpharrigan/mdtraj,hainm/mdtraj,tcmoore3/mdtraj,mattwthompson/mdtraj,gph82/mdtraj,jchodera/mdtraj,mattwthompson/mdtraj,swails/mdtraj,msultan/mdtraj,swails/mdtraj,hainm/mdtraj,casawa/mdtraj,daviddesancho/mdtraj,hainm/mdtraj,dwhswenson/mdtraj,hainm/mdtraj,jchodera/mdtraj,leeping/mdtraj,ctk3b/mdtraj,casawa/mdtraj,rmcgibbo/mdtraj,leeping/mdtraj,msultan/mdtraj,mdtraj/mdtraj,dwhswenson/mdtraj,mpharrigan/mdtraj,mdtraj/mdtraj,mpharrigan/mdtraj,daviddesancho/mdtraj,casawa/mdtraj,jchodera/mdtraj,casawa/mdtraj,leeping/mdtraj,mattwthompson/mdtraj,leeping/mdtraj,mpharrigan/mdtraj,mpharrigan/mdtraj,ctk3b/mdtraj,swails/mdtraj,mdtraj/mdtraj,swails/mdtraj,tcmoore3/mdtraj,hainm/mdtraj,mattwthompson/mdtraj,ctk3b/mdtraj,msultan/mdtraj,msultan/mdtraj,casawa/mdtraj,swails/mdtraj,tcmoore3/mdtraj,daviddesancho/mdtraj,ctk3b/mdtraj,daviddesancho/mdtraj,ctk3b/mdtraj,rmcgibbo/mdtraj,gph82/mdtraj,rmcgibbo/mdtraj,tcmoore3/mdtraj,jchodera/mdtraj