broke apart calculation and reporting
broke apart calculation and reporting

Two step process allows us to cleanly integrate second-stage probability
estimation following the generation of our data likelihoods.

ekg/freebayes,godotgildor/freebayes,ekg/freebayes,nh13/freebayes,godotgildor/freebayes,gkno/freebayes,nh13/freebayes,godotgildor/freebayes,nh13/freebayes,ekg/freebayes,godotgildor/freebayes,gkno/freebayes,gkno/freebayes,gkno/freebayes,ekg/freebayes,nh13/freebayes,nh13/freebayes,ekg/freebayes,gkno/freebayes,godotgildor/freebayes