changed default data likelihood calculations
changed default data likelihood calculations

Exploring the performance of only using disagreeing observations when
calculating the data likelihood for a specific genotype (as done in
BamBayes).

godotgildor/freebayes,nh13/freebayes,ekg/freebayes,godotgildor/freebayes,godotgildor/freebayes,nh13/freebayes,gkno/freebayes,gkno/freebayes,ekg/freebayes,ekg/freebayes,godotgildor/freebayes,nh13/freebayes,gkno/freebayes,godotgildor/freebayes,nh13/freebayes,ekg/freebayes,gkno/freebayes,nh13/freebayes,gkno/freebayes,ekg/freebayes