أما المسألة الأكثر حساسية التى أثارها الطيب فى تصريحاته الأخيرة، فهى العلاقة بين السنة والشيعة، فالشيخ قال أنه يرحب بوجود طلبة إيرانيين يحملون المذهب الشيعى للدراسة بالأزهر، وأضاف « لكننا نرفض التبشير بالتشيع وسنبطل أى أجندة سياسية يحملها أى طالب شيعى، لأن لنا نفس الحق فى رفض التشيع مثلما ترفض إيران المذهب السنى، وأنا رجل أزهرى حتى النخاع والأزهر هو أول من بدأ التقريب بين السنة والشيعة وله فى ذلك تاريخ واستطاع أن يقضى على الحساسيات، مؤكداً استمرار الأزهر فى التقريب بينهما»، كما قال فى حوار آخر للـ«بى بى سى» أنه يتفق مع الدكتور القرضاوى فى مخاوفه من حملات التشيع التى تخترق البلدان السنية.