مقتل الزرقاوي في منتصف العام 2006 لم يؤثر على القاعدة كما أثّرت عليها الخلافات المتفجّرة لاحقاً مع الفصائل السنية المسلّحة، وتحديداً مع بدايات العام 2007، إذ تحوّلت الخلافات الأيديولوجية والسياسية إلى صدامات مسلّحة بين القاعدة التي أعلنت عن نفسها بـ"دولة العراق الإسلامية" وحاولت فرض نفوذها على المناطق السنية، وبين الجماعات السنية الأخرى التي تجمعت في جبهات تعبّر كلّ منها عن فكر سياسي وتصور استراتيجي مختلف عن ذلك الذي تملكه القاعدة.