• ومن المشكلات التي تكتنف استخدامها: إمكانية حدوث أخطاء أثناء تسجيل القياسات الحيوية أو أثناء المضاهاة، وإزعاج الشخص ومضايقته، والتكلفة المرتفعة لبعض الأنواع من القياسات، ومقاومة الأشخاص لهذا النوع من التقنيات، والخوف على خصوصية الشخص، وإساءة استخدام البيانات التي تم الحصول عليها باستخدام القياسات الحيوية في أغراض أخرى غير التي سُجلت من أجلها، وإمكانية تعرض أنظمة القياسات الحيوية للهجوم.