وفي عام 1971 انتقد مرتضي منصور سياسة الرئيس السادات في عدم الدخول مع إسرائيل في حرب وشارك في المظاهرات وقامت الجامعة بإعداد لقاء مع السيد مرعي واتحاد الطلاب شارك فيه مرتضي منصور ووجه سؤال إلى مرعي حول موعد الحرب وكيفية تحديده مما أدي إلى ثورة عنيفة وغضب من السيد مرعي وفي نفس اليوم تم اعتقال عدد من الطلبة من بينهم منصور, حيث قضي 31 يوم في سجن القناطر حتى أصدر الرئيس السادات قراراً بالإفراج عن الطلبة.