أما ميناء الحبوب فسيحل محل الميناء الحالي في الميناء الرئيسي وسيكون مسؤولا عن مناولة الحبوب للشركة الأردنية العامة للصوامع والتغليف والموردين من القطاع الخاص، والموردين لعمليات ترانزيت للأسواق الإقليمية، كما سيضم أرصفة جديدة للحبوب وصوامع التخزين ومرافق للتحميل ومصنعا للتغليف، وسيتم تخصيص رصيف للحبوب في الميناء الجديد يضم ناقلاً مربوطاً بالصوامع التي ستبنى الى جوار المرسى. وسيتمتع الميناء بطاقة استيعابية سنوية تصل إلى 2.3 مليون طن قابلة للتوسيع إلى 3 ملايين طن سنوياً، بإضافة رافعة ثانية للحبوب على الرصيف.