في حكومة زيد الرفاعي الأولى (26/5/1973 - 23/11/1974) عاد الفرحان وزيرا للأوقاف والشؤون والمقدسات الإسلامية، وبعد أن خرج من الحكومة، ما لبث أن غدا منتصف العام 1975 رئيسا للجمعية العلمية الملكية التي كان قد مرّ على تأسيسها خمسة أعوام. لكنه لم يمض فيها وقتا طويلا، ففي نهاية ذلك العام أقيل د.عبدالسلام المجالي من رئاسة الجامعة الأردنية وحل الفرحان محله.